在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這里又看到另一群孩子們拼命求生存的身影……。...

從很小的時候起，在母親的引導和教導下，有馬公生（花江夏樹 配音）便將成為優秀的鋼琴師當做了自己的畢生理想，一路走來，亦斬獲了不少佳績。不幸的是，在11歲那年，有馬的母親去世了，而有馬亦再也無法聽見自己所演奏的琴聲，如此一來，他同自己最初的夢想漸行漸遠。...

故事發生在一個虛構的世界之中，在這里，突然之間出現了古代王朝遺跡群，人們稱之為“迷宮”。在迷宮里，隱藏著數之不盡的寶物，而其中最為人津津樂道的，就是被稱為“魔神金屬器”的魔器。然而，想要得到這些寶物卻并不是一件容易的事情，與之相伴的，是無處不在的危險和敵人。...

住在以第七迷宮為中心的城鎮，支鄉的年輕人阿里巴巴，通過做著車夫的打工逐漸實現著自己攻略迷宮，成為大富翁的夢想。這樣的一天，他與為尋找『魔神的金屬器』而旅行著的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潛藏于他所持有的笛中的『烏戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同進行迷宮攻略的邀請。 魔笛MAGI第二季全集動畫預定播放內容為原作的大圣母篇。...

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